การได้พบมุขลึงค์ซึ่งเป็นรูปเคารพแทนพระศิวะ แสดงให้เห็นว่าโบราณสถานแห่งนี้เป็นเทวาลัยในศาสนาพราหมณ์ลัทธิไศวนิกายซึ่งนับถือพระศิวะเป็นเทพเจ้าสูงสุด มีอายุอยู่ในสมัยทวารวดี

อำเภออู่ทอง จังหวัดสุพรรณบุรี เป็นที่ตั้งของเมืองโบราณอู่ทอง ซึ่งมีขนาดใหญ่อายุสมัย ๑,๑๐๐ - ๑,๖๐๐ ปีมาแล้ว โดยมีแหล่งน้ำสำคัญคือ พุม่วง และจระเข้สามพัน ในบริเวณเขตอุทยานพุม่วง มีพื้นที่หนึ่งที่มีลักษณะเป็นแนวคันดินรูปโค้งเกือกม้า ก่อด้วยอิฐแลงสูงจากผิวดิน ชาวบ้านเข้าใจและเรียกพื้นที่นี้ว่า คอกช้างดิน ด้วยเข้าใจว่าน่าจะเป็นคอกเพนียดคล้องช้างของคนโบราณ แต่ที่จริงแล้วไม่ใช่ นักโบราณคดีบอกว่า ที่นี่คือ แหล่งกักน้ำเพื่อใช้เป็นแหล่งน้ำศักดิ์สิทธิ์ และใช้ในการเกษตรกรรม ที่เรียกกันว่า บาราย ที่มีอายุสมัยทวารวดี ตามความเชื่อในทางศาสนาพราหมณ์-ฮินดู เพราะไม่ไกลจากที่นี้มากนัก มีทางน้ำที่ใช้แนวหินบีบเข้าสู่บาราย และมีศาสนสถานที่ทำจากหินกรวด
 

กลุ่มโบราณสถานคอกช้างดิน

บารายนี้แสดงถึงความชาญฉลาดของคนโบราณ ในการเปลี่ยนอู่ทองที่เป็นพื้นที่แล้งน้ำ ให้กลายเป็นพื้นที่การเกษตรกรรม ส่งผลให้มีผู้คนเข้ามาตั้งถิ่นฐานมากขึ้น จนทำให้เมืองอู่ทองโบราณมีความเจริญรุ่งเรืองมากเมืองแรกๆ ของพื้นที่แถบนี้

จุดเริ่มต้นทางการสำรวจและขุดค้นทางโบราณคดีมีขึ้นในปี พ.ศ. ๒๕๐๒ คอกช้างดิน ได้รับการสำรวจโดย ม.จ.สุภัทรดิศ ดิศกุล ซึ่งในเวลานั้นสันนิษฐานว่า พูนดินวงกลมนั้นอาจเป็นคอกช้างสมัยโบราณ 

ต่อมา พอล วิทลีย์ (Paul Wheatley) นักภูมิศาสตร์ที่เชี่ยวชาญด้านภูมิศาสตร์ประวัติศาสตร์ของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และเอเชียตะวันออก และเป็นศาสตราจารย์ด้านภูมิศาสตร์และประวัติศาสตร์มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียที่เบิร์กลีย์ ยูนิเวอร์ซิตี คอลเลจ ลอนดอน และมหาวิทยาลัยชิคาโก ตามลำดับ เสนอข้อสันนิษฐานว่า เมืองโบราณอู่ทองอาจเป็น ‘จินหลิน’ และเชื่อว่าบริเวณคอกช้างดินเป็นเพนียดคล้องช้าง (จินหลิน ตามบันทึกจีนราวพุทธศตวรรษที่ ๘ ระบุว่า ตั้งอยู่บนอ่าวใหญ่ ห่างจากฟูนันไปทางทิศตะวันตก ๒,๐๐๐ ลี้ (ราว ๑,๐๐๐ กิโลเมตร) มีทะเลชางไฮคั่นอยู่ ทางทิศเหนือของจินหลินคือ บูหลุน อยู่ห่างจากฟูนันไปทางทิศตะวันตก ๒,๐๐๐ ลี้ เช่นเดียวกัน จินหลินมีแร่เงิน พลเมืองมาก และชอบจับช้าง เมื่อจับได้เป็นๆ ก็ใช้เป็นพาหนะ ครั้นช้างตายก็ถอดเอางา 

ในปี พ.ศ. ๒๕๐๙ สมศักดิ์ รัตนกุล ภัณฑารักษ์ประจำหน่วยศิลปากรที่ ๒ ได้ขุดค้นที่โบราณสถาน ๒ แห่ง จึงได้พบภาชนะดินเผาบรรจุเหรียญเงินทวารวดีประทับลายสังข์จำนวนมากที่โบราณสถานหมายเลข ๑๘ และพบมุขลึงค์ที่โบราณสถานหมายเลข ๕ พร้อมยังเสนอว่า คอกช้างดินอาจเป็น ‘สระเก็บน้ำ’ ไม่ใช่ ‘เพนียดคล้องช้าง’

ผ่านมาอีก ๓๑ ปี ในปี พ.ศ. ๒๕๔๐ จึงได้มีการทำแผนปฏิบัติการอนุรักษ์และพัฒนาพื้นที่โบราณสถานคอกช้างดิน มีการศึกษาและอนุรักษ์เมืองแห่งนี้ในปีงบประมาณ โดยในเวลานั้น สายันต์ ไพรชาญจิตร์ ได้เป็นผู้ขุดค้นโบราณสถานต่างๆ ได้แก่ โบราณสถานหมายเลข ๓ และ ๗

ปี พ.ศ. ๒๕๔๔ ได้มีการขุดค้นเพิ่มเติมที่โบราณสถานหมายเลข ๖ ซึ่งได้พบโบราณวัตถุหลายประเภทโดยเฉพาะภาชนะดินเผาที่ไม่ต่างจากโบราณสถานแห่งอื่นๆ ผลจากการสำรวจในช่วงเวลาดังกล่าวทำให้พบโบราณสถานทั้งหมด ๒๐ กลุ่มใหญ่ๆ ในเขตคอกช้างดิน และในปี พ.ศ. ๒๕๔๕ จึงได้มีการตีพิมพ์หนังสือเรื่อง โบราณคดีคอกช้างดิน