นอกจากนี้ ผังปราสาทยังแสดงให้เห็นถึงความเชื่อเรื่องจักรวาลของศาสนาฮินดู โดยมีเขาพระสุเมรุอยู่กึ่งกลางล้อมด้วยห้วงน้ำมหึมา เมื่อเดินเข้าโคปุระด้านทิศตะวันออกของกำแพงแก้ว ผ่านคูน้ำและระเบียงคดเข้าไป จะเท่ากับได้เข้าสู่ใจกลางจักรวาล ซึ่งปรางค์ประธานเปรียบเสมือนเขาพระสุเมรุ ล้อมรอบด้วยเสาเป็นปริมณฑลบ่งบอกว่าเป็นเขตศักดิ์สิทธิ์สูงสุด และภายในปรางค์ประธานนั้น เดิมเป็นที่ประดิษฐานศิวลึงค์อันเป็นรูปเคารพแทนองค์พระศิวะ หนึ่งในเทพสูงสุดสามองค์ของฮินดู ปัจจุบันเหลือแต่เพียงฐานโยนีเท่านั้น

สิ่งที่ถือว่าเป็นการค้นพบครั้งสำคัญของปราสาทสด๊กก๊อกธม คือการค้นพบศิลาจารึก ๒ หลักที่จารึกด้วยอักษรขอมโบราณ ซึ่งเป็นหลักฐานสำคัญที่บ่งบอกถึงอายุการสร้างปราสาทสด๊กก๊อกธมแห่งนี้ ทั้งยังบอกถึงวัตถุประสงค์ของการสร้างจารึกหลักที่ ๒ ด้วยว่า พระเจ้าอุทัยทิตยวรมันที่ ๒ ได้ปฏิสังขรณ์ปราสาทเมื่อปี พ.ศ. ๑๕๙๕ และกษัตริย์แห่งอาณาจักรขอมได้เป็นผู้อุปถัมภ์ศาสนา โดยมีพราหมณ์ปุโรหิตเป็นผู้นำศาสนาคอยให้คำปรึกษาแนะนำและเป็นสื่อกลางระหว่างเทพเจ้าและกษัตริย์ รวมทั้งประวัติสายสกุลพราหมณ์ผู้ประกอบพิธีเทวราชา การปฏิบัติพระเทวราชและรูปเคารพ การสร้างหมู่บ้าน การบุญต่างๆ ในศาสนา เป็นต้น โดยปัจจุบันจารึกทั้ง ๒ ถูกเก็บรักษาไว้ที่หอสมุดแห่งชาติ กรมศิลปากร

การศึกษาเรื่องราวของปราสาทสด๊กก๊อกธมนั้น จากวิทยานิพนธ์ ‘ปราสาทสด๊กก๊อกธม : ปราสาทเขมรทรงพุ่มรุ่นแรกในประเทศไทย’ โดย ราฆพ บัณฑิตย์ ได้ให้ข้อมูลถึงรายละเอียดการวิจัยจากหลักฐานที่ปรากฏในข้อความจากศิลาจารึกสด๊กก๊อกธม ๑ ซึ่งได้ระบุศักราช พ.ศ. ๑๔๘๐ ซึ่งเป็นปีสุดท้ายของรัชกาลพระเจ้าชัยวรมันที่ ๔ กล่าวถึงการกัลปนาข้าทาสให้แก่ศาสนสถานซึ่งตั้งยู่ที่ภัทรปัฏนะ

ครั้นต่อมาสถานที่แห่งนี้ได้ถูกทำลายลงจวบจนถึงปี พ.ศ. ๑๕๙๕ ข้อความศิลาจารึกสด๊กก๊อกธม ๒ ระบุถึงการฟื้นฟูพื้นที่แห่งนี้อีก โดยพระเจ้าอุทัยทิตยวรมันที่ ๒ เพื่อประทานแก่พราหมณ์สทาศิวะผู้เป็นพระอาจารย์และเกี่ยวดองเป็นพระญาติ พร้อมทั้งให้สร้างศาสนสถานปราสาทสด๊กก๊อกธมแห่งนี้ ซึ่งมีชื่อเป็นทางการว่า ‘ภัทรนิเกตน’

จากการกำหนดโครงสร้างทางศิลปกรรมนั้น ได้พบหลักฐานที่สำคัญที่สนับสนุนให้ปราสาทสด๊กก๊อกธมแห่งนี้ ซึ่งเคยถูกทำลายจากผลของระเบิดและการโจรกรรมขนย้ายโบราณวัตถุ สิ่งนั้นคือ กลีบขนุนรูปนาค ซึ่งใช้เป็นส่วนประดับที่สำคัญของโครงสร้างที่ชี้ให้เห็นถึงการคลี่คลายและพัฒนารูปแบบของทรงปราสาทประธานที่เคยประดับด้วยปราสาทจำลองมาสู่ปราสาททรงพุ่ม 

ศิลาจารึกปราสาทสด๊กก๊อกธม ๒

ระบุว่าปฏิสังขรณ์ปราสาทเมื่อปี พ.ศ. ๑๕๙๕