ภายในเมืองพบซากโบราณสถานขนาดเล็ก ซึ่งถูกลักลอบขุดทำลาย เหลือแต่เพียงส่วนฐานขนาดกว้าง ๕,๖๐๐ เมตร และยาว ๖ เมตร โบราณสถานก่อด้วยอิฐศิลาแลง มีร่องรอยของการฉาบปูนหลงเหลืออยู่บ้าง มีการเตรียมฐานรากก่อนการก่อสร้างด้วยการใช้เศษหินทราย หินกรวดแม่น้ำและเม็ดศิลาแลงอัดแน่นเป็นฐาน บริเวณห้วยมะไฟพบร่องรอยของฝายที่สร้างด้วยศิลาแลง โดยการเรียงศิลาแลงเป็นสองแถว และถมดินอัดตรงกลางเพื่อกักเก็บน้ำไว้ใช้ประโยชน์ด้วย

บริเวณโดยรอบโบราณสถานขุดพบชิ้นส่วนครุฑหินทรายบางชิ้นแกะสลักยังไม่เรียบร้อย ไม่พบส่วนที่เป็นหัว และปีกด้านซ้าย นอกจากนี้ ยังพบชิ้นส่วนลวดลายดอกไม้หินทรายจํานวน ๒ ชิ้น และเศษภาชนะดินเผาแบบพื้นเมืองอีกเล็กน้อยในระหว่างการขุดแต่ง
 

ร่องรอยของเส้นทางน้ำ ที่น่าจะเป็นลำห้วยมะไฟ ปัจจุบันน้ำในลำห้วยแห้ง

มีน้ำไหลผ่านช่วงหน้าฝนเท่านั้น

จากหลักฐานทางด้านโบราณคดีที่พบ ทําให้พิจารณาได้ว่าเมืองครุฑแห่งนี้คงมีอายุสมัยเดียวกันกับเมืองสิงห์ คือมีอายุในราวพุทธศตวรรษที่ ๑๘-๑๙ เมืองทั้งสองแห่งนี้คงมีความสัมพันธ์กันด้วย เพราะบริเวณใกล้เคียงกันนี้ก็ไม่พบเมืองโบราณในลักษณะเช่นนี้อีกเลย 

วัสดุก่อสร้างใช้ศิลาแลงเหมือนกันและมีการเตรียมฐานรากโดยใช้หินกรวดแม่น้ำคล้ายคลึงกัน นอกจากนี้ลวดลายที่ปรากฏบนประติมากรรมรูปครุฑซึ่งมีลักษณะเป็นฝีมือช่างท้องถิ่น ก็มีลวดลาย ขนนกประกอบตัวครุฑมากขึ้น ลายดอกไม้สี่กลีบที่ปรากฏก็เป็นลักษณะของศิลปขอมแบบบายนซึ่งมีอายุราวพุทธศตวรรษที่ ๑๘ และเมืองสิงห์ก็ได้รับอิทธิพลทางวัฒนธรรมส่วนหนึ่งจากศิลปะแบบ  บายนนี้เช่นเดียวกัน

ประติมากรรมรูปครุฑที่พบใกล้เคียง และอยู่ในสมัยเดียวกัน ได้แก่ ครุฑปูนปั้นที่ใช้เป็นลวดลายประดับบนโบราณสถาน เป็นรูปครุฑจับช้างพบที่เนินทางพระ อําเภอสามชุก จังหวัดสุพรรณบุรี 

ความสัมพันธ์ของเมืองครุฑและเมืองสิงห์ ซึ่งอยู่ใกล้เคียงกันนี้ จากคําบอกเล่าของชาวบ้านสูงอายุเล่าว่าสมัยก่อนนั้นเคยเห็นแนวถนนยกระดับสูงกว่าพื้นปกติจากเมืองครุฑมาทางตะวันตก ผ่านสถานีรถไฟท่ากิเลนไปทางเมืองสิงห์ แต่ปัจจุบันนี้ ไม่เหลือร่องรอยอยู่แล้ว เพราะถูกไถปรับพื้นที่เพื่อการเกษตรกรรมไปหมดแล้ว ชาวบ้านแต่เดิมเรียกว่า 'ถนนขาด'

เมืองครุฑคงถูกทิ้งร้างไปเนื่องจากสภาพภูมิประเทศไม่เหมาะสม คือ มีลักษณะเป็นเมืองปิด มีภูเขาล้อมรอบ ทําให้การขยายเมืองทําได้ยาก อีกทั้งคงมีความแห้งแล้งกันดาร เพราะอยู่ห่างจากลําน้ำแควน้อย มีเพียงลําห้วยเล็กๆ สายหนึ่งไหลผ่าน คือ ห้วยมะไฟ ซึ่งไหลลงสู่แม่น้ำแควน้อย ปัจจุบันนี้แทบไม่มีน้ำไหลแล้ว คงมีเฉพาะในฤดูฝนเพียงเล็กน้อยเท่านั้น 

อย่างไรก็ตาม จากหลักฐานที่พบ ได้แก่ แนวศิลาแลงบริเวณลําห้วยมุมทิศตะวันตกเฉียงใต้ของตัวเมือง ย่อมแสดงให้เห็นว่า มีความพยายามในการสร้างฝายเก็บกักน้ำ เพื่อใช้ประโยชน์ด้วย แต่คงไม่เกิดประโยชน์มากนัก จึงต้องทิ้งเมืองนี้ไปในที่สุด การอยู่อาศัยภายในบริเวณตัวเมืองคงเป็นระยะเวลาไม่นานนัก เพราะพบเศษภาชนะดินเผาจํานวนน้อยมากจากการสํารวจบนผิวดิน และการขุดตรวจสอบ ดังนั้นจึงไม่สามารถศึกษารูปแบบของโบราณสถานแห่งนี้ได้