ทั้งนี้จากการอ้างอิงศักราชการขึ้นครองราชย์ของพระเจ้าอาทิตยราช ซึ่งพงศาวดารโยนกและชินกาลมาลีปกรณ์ระบุว่า ทรงขึ้นครองหริภุญไชยในราว พ.ศ. ๑๕๘๖-๑๕๙๐ หรือปลายพุทธศตวรรษที่ ๑๖ พบว่าใกล้เคียงกับการร้างกษัตริย์ของเมืองภูกามยาวใน พ.ศ. ๑๕๒๙ และการเคลื่อนย้ายของขุนจอมธรรมมาครองภูกามยาวใน พ.ศ. ๑๕๘๐ ตามที่ปรากฏตำนานเมืองพะเยาฉบับหอสมุดแห่งชาติ

สงครามระหว่างหริภุญไชยและกษัตริย์ต่างเมืองในพุทธศตวรรษที่ ๑๖-๑๗

ก่อนรัชกาลพระเจ้าอาทิตยราช เอกสารกล่าวถึงสงครามที่เป็นเหตุให้เกิดการเสียเมืองหริภุญไชยแก่เจ้าต่างเมืองหลายครั้ง สงครามครั้งใหญ่คือสงครามที่ปัจจุบันเป็นที่รู้จักกันในชื่อ “สงครามสามนคร” ในครั้งนั้นเมืองหริภุญไชยยกทัพล่องแม่น้ำปิงไปรบกับละโว้ ส่วนทัพละโว้ยกมาตั้งรับที่ปลายแดนเมืองโดยไม่ทิ้งกำลังไว้รักษาเมือง จึงถูกพระยาสุธรรมวดี (สะเทิม) ยกมายึดเมืองไว้ได้ พระเจ้าละโว้และพระเจ้าหริภุญไชยเห็นว่าเข้าเมืองละโว้ไม่ได้ ต่างจึงเร่งยกพลขึ้นมาเมืองหริภุญไชย แต่พระเจ้าละโว้ยกพลมาทางบกจึงเข้าปกครองเมืองหริภุญไชยได้ก่อน

หลังจากนั้นมีเหตุการณ์เจ้าต่างเมืองยกทัพมายึดเมืองหริภุญไชยอีก ๒ ครั้ง โดยครั้งแรกเกิดขึ้นในช่วงที่เมืองหริภุญไชยเกิดโรคระบาด และอีก ๑๐ ปีหลังจากนั้นจึงถูกมหาราชเมืองสัปปาลยกทัพมาปกครอง ซึ่งในกรณีเมืองสัปปาลนี้ พระยาประชากิจกรจักรสันนิษฐานว่าคือเมืองแสนหวีหรือยศมาลา ซึ่งเมื่อพิจารณาจากเหตุการณ์ที่ปรากฏใน “หมานซู” ที่บันทึกว่าชนเผ่าหมาน เคยยกทัพมาตีแคว้นกษัตริย์หญิงหรือเมืองหริภุญไชยในช่วงต้นรัชกาลพระนางจามเทวี ซึ่งวินัย พงศ์ศรีเพียร ได้วิเคราะห์ไว้ว่า “ชนเผ่าหมาน” คือน่านเจ้า (วินัย พงศ์ศรีเพียร, 2564: 19) รวมทั้งเหตุการณ์ที่พระเจ้าโก๊ะล่อฝง (พ.ศ. ๑๒๙๑-๑๓๒๒) แห่งอาณาจักรน่านเจ้ายกทัพตีเซียนฉวน (Siun-tchoan) หรือศรีเกษตร ในราว พ.ศ. ๑๓๐๖ (สำนักนายกรัฐมนตรี, 2510: (6)-(7) และ 32) แสดงว่าในช่วงเวลาดังกล่าวอาณาจักรน่านเจ้า ซึ่งตั้งอยู่บริเวณมณฑลยูนนานได้ขยายอำนาจเข้าครอบครองพื้นที่ลุ่มแม่น้ำอิรวดีแล้วในช่วงพุทธศตวรรษที่ ๑๒-๑๓

ดังนั้นการวิเคราะห์ของพระยาประชากิจกรจักรจึงมีความเป็นไปได้สูง ส่วน แสง มนวิทูร ให้ข้อสังเกตว่าอาจเป็นเมืองปั่นหรือที่ไทยเรียกว่ารัฐพาน ปัจจุบันอยู่ในเขตรัฐฉานประเทศพม่า (2501: 85) ทั้งนี้เมืองปั่นปรากฏชื่อในเอกสารว่าอยู่ในกลุ่มเมืองไทใหญ่ที่พญามังรายส่งขุนเครือราชโอรสองค์ที่ ๒ ไปปกครอง พวกไทใหญ่จึงสร้างเมืองให้ชื่อว่าเมืองนาย ซึ่งต่อมากลายเป็นศูนย์กลางทางการเมืองของเชื้อวงศ์ขุนเครือสืบต่อมาจนถึงสมัยพระเมกุฏิ ซึ่งถูกเชิญมาครองเมืองเชียงใหม่ใน พ.ศ. ๒๐๙๘ (คณะกรรมการฯ, 2538: 42-43)

ส่วนการเสียเมืองหริภุญไชยให้แก่เจ้าต่างเมืองในครั้งก่อนหน้า เกิดขึ้นในช่วงเมืองหริภุญไชยประสบภัยโรคระบาดครั้งใหญ่  ทั้งนี้พงศาวดารโยนก ตำนานมูลศาสนาและจามเทวีวงศ์ระบุว่า ก่อนเกิดโรคระบาดนั้น เมืองหริภุญไชยถูกปกครองโดยพระยากมลราชและจากเนื้อความในเอกสารที่สอดคล้องกัน พระยากมลผู้นี้จึงน่าจะเป็นผู้เดียวกับพระเจ้ากัมพลในชินกาลมาลีปกรณ์และชินกาลมาลินี เอกสารส่วนใหญ่ระบุว่ากษัตริย์องค์นี้ครองราชย์ได้ ๒๐ ปี ๗ เดือน ก็สวรรคตพร้อม ๆ กับการเกิดโรคระบาดในเมืองหริภุญไชย

ส่วนพงศาวดารโยนกซึ่งเป็นเอกสารเพียงฉบับเดียวที่ระบุช่วงเวลาเป็นศักราช มีข้อความต่างไปว่าหลังสิ้นรัชกาลพระยากมลราช พระเจ้าจุเลระได้ขึ้นครองเมืองหริภุญไชยในจุลศักราช ๓๐๙ (พ.ศ. ๑๔๙๐) โดยไม่กล่าวถึงระยะการครองเมืองหริภุญไชยของพระเจ้าจุเลระ รวมทั้งไม่ปรากฏพระนามของพระองค์ในเอกสารฉบับอื่น จึงเป็นได้ว่าอาจครองเมืองในช่วงระยะเวลาสั้น ๆ แล้วสวรรคตไปพร้อมกับเหตุการณ์โรคระบาดร้ายแรง จนทำให้ชาวหริภุญไชยพากันอพยพไปยังสุธรรมวดี (สะเทิม) ต่อมาพระเจ้าพุกามได้ยกทัพมาตีเมืองสุธรรมวดีและกวาดต้อนผู้คนไปเมืองพุกาม ชาวเมืองหริภุญไชยจึงพาหนีกันไปอยู่หงสาวดี บ้างมีครอบครัวตั้งรกรากอยู่ในเมืองนั้น จน ๖ ปีให้หลัง เมื่อโรคระบาดสงบลง บางส่วนจึงอพยพกลับคืนมายังหริภุญไชยโดยมีชาวเมืองหงสาวดีติดตามมาด้วย

จึงเป็นเหตุให้เมืองหริภุญไชย “..มีวิธีอักขระหนังสือใช้ในเมืองนี้...” (ประชากิจกรจักร, 2516: 205) ทั้งนี้พระราชพงศาวดารพม่าระบุว่าทัพพุกามตีเมืองสุธรรมวดีในช่วงต้นรัชกาลพระเจ้าอนุรุทธ ปฐมกษัตริย์ของอาณาจักรพุกาม ซึ่งช่วงเวลาการขึ้นราชย์ของพระองค์นั้นอยู่ในราว พ.ศ. ๑๕๕๓-๑๕๙๕  (นราธิปประพันธ์พงศ์, 2550: 48)  หรือ พ.ศ. ๑๕๘๗-๑๖๒๐ (รุจยา อาภากร และนฤมล ธีรวัฒน์, 2551: 296-297) 

เป็นไปได้ว่าการกลับคืนสู่บ้านเมืองหลังโรคระบาดสงบลง เมืองหริภุญไชยไร้กษัตริย์และอ่อนกำลังจากการฟื้นฟูบ้านเมือง จึงถูกจักรพรรดิต่างเมืองพระองค์หนึ่งยกทัพมาโจมตีได้โดยง่าย จักรพรรดิผู้นี้ชินกาลมาลีปกรณ์ระบุว่ามาจากเมืองอติคุยปุระ (2501: 87) ตำนานมูลศาสนาว่ามาจากเมืองอภิภุยย (2482: 184) จามเทวีวงศ์ว่ามาจากเมืองถมุยนคร (2463: 252-253) ส่วนพงศาวดารโยนกอ้างตำนานลำพูนว่ามาจากทุรฆะรัฐะนคร (2516: 205)

ทั้งนี้ตำนานทุกฉบับกล่าวสอดคล้องกันว่าจักรพรรดิผู้นี้ปกครองเมืองหริภุญไชยได้ ๙ ปี ก็สวรรคตลง ดังนั้นหากยึดศักราชจากพงศาวดารโยนก ชาวหริภุญไชยอพยพหนีโรคระบาดไปเมืองสุธรรมวดีและหงสาวดีใน พ.ศ. ๑๔๙๐