ทับหลังชิ้นที่ ๒ ปราสาทองค์เหนือดังกล่าว สลักภาพพระวิษณุ (พระนารายณ์) ๒ กร พระกรซ้ายถือดอกบัว พระกรขวาหนุนพระเศียรขณะบรรทมตะแคงขวาเหนือพญาอนันตนาคราช ๕ เศียร (ช่างสลักให้เห็นเพียง ๓ เศียร อีก ๒ เศียรถูกบังไว้) ที่พระนาภี (สะดือ) มีก้านดอกบัวผุดออกมาและมีพระพรหมประทับอยู่บนนั้น แต่น่าเสียดายที่ภาพสลักส่วนนี้ชำรุด บริเวณปลายพระบาทของพระวิษณุมีพระลักษมีชายาของพระองค์ประทับอยู่ นอกจากนี้ที่ด้านปลายทั้ง ๒ ข้าง สลักรูปหงส์ข้างละ ๒ ตัวอีกด้วย

จากลักษณะของนาคเศียรโล้นและรูปแบบการแต่งกายของพระวิษณุ รวมถึงรูปแบบของทับหลังชิ้นที่ ๑ กำหนดอายุประมาณพุทธศตวรรษที่ ๑๖ ศิลปะแบบบาปวน ร่วมสมัยกับปราสาทสระกำแพงใหญ่ จังหวัดศรีสะเกษ ปราสาทสด๊กก็อกธม จังหวัดสระแก้ว ปราสาทบ้านพลวง จังหวัดสุรินทร์ และปราสาทเมืองต่ำ จังหวัดบุรีรัมย์
 

ทับหลังชิ้นที่ ๑ สลักภาพบุคคลที่กึ่งกลางทับหลังซึ่งลบเลือนไปแล้ว
ส่วนทับหลังชิ้นที่ ๒ สลักภาพนารายณ์บรรทมสินธุ์

เมื่อพิจารณาจากรูปแบบสถาปัตยกรรมเป็นปราสาทที่สร้างในพุทธศตวรรษที่ ๑๖ ตามอิทธิพลวัฒนธรรมเขมร เพื่ออุทิศแด่เทพเจ้าทั้ง ๓ ในลัทธิตรีมูรติของศาสนาพราหมณ์ ได้แก่ พระอิศวร พระพรหม และพระนารายณ์ ผังกู่พระโกนามีลักษณะเดียวกับกู่กาสิงห์ ที่ประกอบด้วยสิ่งก่อสร้างภายในกำแพง ได้แก่กลุ่มปราสาท ๓ หลัง สร้างอยู่บนฐานเดียวกัน และอาคารบรรณาลัยทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ของกลุ่มปราสาท ส่วนนอกกำแพงด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือเป็นสระน้ำ

ลักษณะสถาปัตยกรรมกลุ่มปราสาท ๓ หลัง สร้างหันหน้าไปทางทิศตะวันออก ใช้หินทรายและอิฐเป็นวัสดุหลักในการก่อสร้าง โดยวางตัวเรียงกันไปในแนวทิศเหนือ-ใต้ ปัจจุบันปราสาทหลังกลางได้ดัดแปลงสภาพให้เป็นเจดีย์ทรงมณฑปในผังย่อมุมไม้สิบสอง มีซุ้มโค้งประดิษฐานพระพุทธรูปมารวิชัยทั้งสี่ด้าน เหนือมณฑปเป็นชั้นลดเรียงหลั่นกันขึ้นไป ๕ ชั้น บริเวณมุมของชั้นลดประดับกลีบขนุน ต่อจากชั้นลดเป็นองค์ระฆังขนาดเล็กที่เหนือขึ้นไปเป็นปล้องไฉนและปลียอด ปราสาทอิฐทิศเหนือถูกรบกวนด้วยการสร้างกุฏิสมัยใหม่ทับลงบนฐานปราสาทเดิม 

ส่วนปราสาทอิฐทิศใต้มีสภาพสมบูรณ์ที่สุด พบทับหลังและเสาประดับกรอบประตูทำด้วยหินทราย สำหรับบรรณาลัยปรากฏเฉพาะส่วนฐาน ในผังสี่เหลี่ยมผืนผ้าที่ต่อมุขออกมาทางด้านทิศตะวันตก เพื่อใช้เป็นทางเข้าที่ปัจจุบันได้ก่อสร้างหอระฆังทับด้านบน ลักษณะกำแพงเป็นกำแพงศิลาแลงในผังสี่เหลี่ยมผืนผ้า มีประตูทางเข้าทางทิศตะวันออกและทิศตะวันตกที่ก่อเป็นรูปกากบาท (โคปุระ) โดยก่อมุขยาวด้านนอกและมุขที่สั้นกว่าด้านในกำแพง 

บริเวณกึ่งกลางกำแพงทางทิศเหนือและทิศใต้มีห้องในผังสี่เหลี่ยมผืนผ้า มีประตูด้านในกำแพง ส่วนด้านนอกทำเป็นซุ้มประตูหลอก ส่วนสระน้ำที่อยู่นอกกำแพง เป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้า ปัจจุบันถูกขุดลอกและปรับให้เป็นแหล่งน้ำสาธารณะ จากหลักฐานทางโบราณคดี สันนิษฐานว่าเดิมคงจะมีสะพานนาคและทางเดินประดับเสานางเรียงจากประตูด้านหน้าไปยังสระน้ำ

สำหรับการสำรวจและศึกษาชุมชนรอบโบราณสถานกู่พระโกนา ซึ่งทำการกำหนดจุดศึกษาซึ่งมีพื้นที่โดยรอบๆ โบราณสถานกู่พระโกนา ได้แก่ บ้านกู่ บ้านหนองหว้า บ้านน้อย เพื่อหาร่องรอยหลักฐานร่วมสมัยกับโบราณสถานกู่พระโกนา ซึ่งเป็นสิ่งก่อสร้างในวัฒนธรรมแบบเขมรโบราณสมัยบาปวน อายุราวครึ่งหลังของพุทธศตวรรษที่ ๑๖ – ครึ่งแรกของพุทธศตวรรษที่ ๑๗