ข้อสังเกตอีกประการหนึ่งที่พบจากการศึกษาตัวโบราณสถาน คือ ปราสาทองค์ด้านทิศใต้ที่เห็นว่าคงสภาพดั้งเดิมมากที่สุด คือ ยังไม่ได้ต่อเติมอะไรมาก แต่จากการสังเกตถึงร่องรอยที่ปรากฏอยู่พบว่า ปราสาทองค์นี้ก็ได้รับการซ่อมแซมมาแล้วโดยมีการนําอิฐไปซ่อมแซมส่วนที่หายไปและฉาบปูนตําแบบโบราณทับอีกที ดังเห็นได้จากการเรียงอิฐที่เรียงไม่สมานกันและการตกแต่งบางอย่างที่ปะปนเข้าไปไม่ใช่ลวดลายหรือลักษณะทางศิลปะเขมรโบราณ เช่น นาคปูนปั้นที่ประดับอยู่เหนือประตูทางเข้าด้านทิศตะวันออก และเสาติดผนังที่ก่อด้วยอิฐ การเสริมแผ่นไม้รองอิฐที่ก่อขึ้นเหนือประตูแทนที่จะเป็นทับหลัง รวมถึงการฉาบปูนทับผิวนอกของตัวปราสาท ซึ่งแสดงให้เห็นว่าตัวปราสาทองค์ด้านทิศใต้องค์นี้ก็ได้รับการดัดแปลงตกแต่งโดยช่างท้องถิ่นในภายหลังด้วยเช่นกัน ไม่ใช่องค์ปราสาทที่มีความเป็นดั้งเดิมโดยไม่ได้รับการซ่อมแซมดัดแปลงเลย 

อีกทั้งหากสังเกตเปรียบเทียบระหว่างปราสาทองค์ทิศเหนือกับทิศใต้ จะพบว่าการก่อสร้างปราสาทอาจไม่ได้แล้วเสร็จสมบูรณ์เลยทั้งสองหลัง เนื่องจากร่องรอยของการตกแต่งลวดลายการประดับตัวสถาปัตยกรรมก็ยังไม่แล้วเสร็จเป็นแบบครึ่งๆ กลางๆ  ยกตัวอย่าง ทั้งเสาติดผนัง เสากรอบประตู ทับหลัง ส่วนใหญ่มีร่องรอยแสดงให้เห็นว่ายังอยู่ในระหว่างการดำเนินการตกแต่งที่ยังไม่แล้วเสร็จ

เนื่องด้วยกู่พระโกนาได้ถูกดัดแปลงสภาพจากเทวสถานแบบฮินดูให้เป็นพุทธสถานแบบเถรวาทในคติทางวัฒนธรรมแบบลาว ดังเช่นตัวปราสาทองค์กลางถูกแปลงเป็นธาตุเจดีย์ และมีการใช้งานประกอบพิธีกรรมจนถึงปัจจุบัน อีกทั้งยังไม่ได้รับการขุดแต่งบูรณะด้วยหลักวิชาทางโบราณคดีที่ถูกต้อง การศึกษารายละเอียดที่ลึกซึ้งในตัวปราสาทจึงทำได้ยากมาก เพราะตัวโบราณสถานถูกสงวนให้เป็นสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ห้ามรุกล้ำ อีกทั้งมีการซ่อมแซมต่อเติมกันเอง โดยการนําของเจ้าอาวาสและกลุ่มผู้สนับสนุนจึงทำให้โบราณศาสนสถานแห่งนี้ถูกเปลี่ยนสภาพทางศิลปกรรมอย่างหนัก และการดัดแปลงเพื่อให้สอดคล้องกับการใช้ประโยชน์ทางความเชื่อของราษฎรในพื้นที่ ทำให้หลักฐานทางโบราณคดีหลายชิ้นถูกทำลายไปอย่างน่าเสียดาย