สุลัยมานผู้เป็นเจ้าเมืองสงขลาได้ประกาศแยกตัวเป็นอิสระ ไม่ขึ้นกับกรุงศรีอยุธยา และสถาปนาตนเองขึ้นเป็นสุลต่าน มีการสร้างเมืองและป้อมปราการบนเขาและที่ราบชายทะเลระหว่างเขาให้เป็นเมืองที่แข็งแรง โดยเฉพาะป้อมปืนซึ่งมีความแข็งแรงและทันสมัยตามแบบตะวันตกในสมัยนั้น ทำให้เมืองสงขลาของสุลต่านสุลัยมานมีความแข็งแกร่ง สามารถต่อต้านการรุกทำลายของข้าศึกทั้งทางน้ำและทางบกได้ดีกว่าบ้านเมืองโบราณอื่นๆ ในประเทศไทย

เมืองสงขลาของสุลต่านสุลัยมานอยู่บนเขาและพื้นที่โดยรอบของเขา ๓ ลูก คือ เขาแดง หัวเขา และเขาเขียว โดยหัวเขาแดงอยู่ทางชายฝั่งทะเลด้านทะเลหลวง หน้าเขาเป็นชายหาดกว้างที่เรือสามารถมาจอดได้เป็นจำนวนมาก ทั้งยังมีพื้นที่ราบพอกับการตั้งถิ่นฐานบ้านเรือน ขึ้นไปทางเหนือจนถึงบริเวณที่เป็นสุสานสุลต่านสุลัยมาน

จากหัวเขาแดงมาตามช่องแคบ อันเป็นช่องทางออกทะเลของทะเลสาบสงขลา อยู่ระหว่างหัวเขาแดงกับ ‘แหลมสน’ ทางฝั่งที่เป็นเมืองสงขลาปัจจุบัน พื้นที่บริเวณนี้ชายเขาเป็นหน้าผาสูงขึ้นไปจนสุดเขาที่ต่อกับเขาหัวเขา ซึ่งอยู่เข้ามาทางฝั่งทะเลสาบ ที่มีชายทะเลกว้างพอเป็นที่ตั้งถิ่นฐานของชุมชนไปจนรอบหัวเขา กินพื้นที่ตามชายฝั่งทางด้านใต้และด้านตะวันตกไปจนถึงเขาเขียว

พื้นที่ชายทะเลรอบเขาหัวเขาเป็นแหล่งที่อยู่อาศัยของชุมชนหนาแน่นมาจนถึงปัจจุบัน มีทั้งชุมชนคนพุทธ คนจีน และคนมุสลิม โดยเฉพาะเจ้าเมืองสงขลาและกุโบร์ของคนมุสลิม อันแสดงให้เห็นว่าเป็นบริเวณที่มีคนอยู่สืบมาแต่สมัยอยุธยาจนถึงปัจจุบัน

ส่วนพื้นที่ทางฝั่งทะเลสาบระหว่างเขาหัวเขากับเขาเขียว เป็นอ่าวเล็กๆ ที่มีพื้นที่ทำการเพาะปลูก มีลำน้ำที่ไหลลงจากหัวเขาแดงมาออกทะเลสาบ มีร่องรอยการทำนาและนาเกลือ อีกทั้งเป็นพื้นที่สลับกับที่สูงผ่านเขาน้อย อันเป็นเขาเล็กๆ ที่ติดกับเขาแดงไปจนถึงชายทะเลหลวง บริเวณนี้เป็นพื้นที่ของตัวเมืองสงขลาในยุคสุลัยมาน

ตำแหน่งของป้อมที่หัวเขาแดงใกล้กับถ้ำแม่นางทวดหัวเขาแดง มีร่องรอยของแนวกำแพงเมืองเลียบชายฝั่งทะเล ผ่านที่ราบกว้างหน้าเขามายังทางเหนือ แล้วหักวกลงไปทางตะวันตกเฉียงใต้ ไปถึงเขาน้อย ยังเห็นร่องรอยแนวกำแพงและคูเมืองอยู่ และมุมเมืองทางใต้ที่เขาน้อยยังมีซากป้อมปราการขนาดใหญ่โตสร้างด้วยหิน จากมุมป้อมเขาน้อย แนวกำแพงด้านใต้ผ่านเชิงเขาขึ้นไปบนยอดเขามีป้อมปืนใหญ่ตั้ง  นอกจากพบป้อมปืนใหญ่สำคัญแล้ว ยังมีหลุมศพของทหารดัตช์ที่น่าจะมีอายุร่วมสมัยกับสุลต่านสุลัยมาน

เมืองสงขลาที่แหลมสนและบ่อยาง

เมืองสงขลาที่ฝั่งด้านเหนือของเขาแดงที่เป็นเมืองป้อมค้าขายขนาดใหญ่ หลังจากถูกทำลายไปในรัชกาลสมเด็จพระนารายณ์ฯ ราว พ.ศ. ๒๒๒๓ โดยนำเจ้าเมืองลูกหลานชาวบ้านหนุ่มสาวเข้าไปตั้งชุมชนอยู่ในกรุงศรีอยุธยา  ต่อมาก็มีการสร้างชุมชนอยู่อาศัยทั่วไปในรอบทะเลสาบสงขลา โดยเฉพาะทางฝั่งแหลมสนอีกด้านหนึ่งของเขาแดง ซึ่งหลบเข้าไปอยู่ภายในและมีพื้นที่คับแคบขยายตัวได้ยาก  อย่างไรก็ตามมีการตั้งถิ่นฐานบ้านเรือนของชุมชนอยู่ทั้งทางฝั่งแหลมสนและฝั่งบ่อยาง ซึ่งภายหลังทั้งสองบริเวณนั้นก็กลายเป็นเมืองสงขลาต่อมาในสมัยกรุงธนบุรีและกรุงเทพฯ  เมื่อหลังยุคกรุงศรีอยุธยาหมดสิ้นไป พระยาจักรียกทัพมากำกับการจัดการบ้านเมืองในทางหัวเมืองมลายู ก็แต่งตั้งเจ้าเมืองสงขลาที่เป็นชาวบ้านขึ้นมาเป็นพระสงขลาทางฝั่งแหลมสน