นอกจากหลักฐานตัวเรือแล้ว บริเวณที่พบซากเรือก็นับว่ามีความสำคัญทางโบราณคดีด้วยเช่นกัน เนื่องจากตั้งอยู่ไม่ห่างจากคลองท่าชนะ (๓ กิโลเมตร) ซึ่งเป็นคลองที่ไหลออกสู่อ่าวไทย ณ บริเวณที่เรียกว่าแหลมโพธิ์ ตำบลพุมเรียง อำเภอไชยา จากหลักฐานทางโบราณคดีที่พบในพื้นที่แหลมโพธิ์บ่งชี้ว่า บริเวณนี้เป็นชุมชนเมืองท่าสำคัญมาตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ ๑๒ - ๑๔ ดังสะท้อนผ่านหลักฐานการค้านานาชาติ เช่น ลูกปัดโบราณ เครื่องถ้วยจีนและเปอร์เซียที่พบ

จากการตรวจสอบพบว่า บริเวณหลังบ้านของนางพรพิมล เป็นพื้นที่สวนปาล์ม มีการขุดสระน้ำสำหรับใช้ภายในสวน ภายในมีซากของไม้เรือโบราณถูกเก็บรักษาอยู่ภายในโรงเปิดโล่งมีหลังคาคลุม ซากเรือดังกล่าวประกอบด้วยไม้ ๘๔ ชิ้น เป็นไม้กระดานขนาดยาว ไม้ที่ทำเป็นทรงแหลมสำหรับหัวเรือ และเศษไม้ที่ไม่สามารถระบุส่วนได้

ไม้กระดานเรือแต่ละแผ่น มีการเจาะรูที่ด้านสันของไม้ตลอดความยาว อีกทั้งยังพบลูกประสักหรือสลักไม้สวนอยู่ในรูบางส่วน นอกจากนี้ที่แผ่นกระดานเปลือกเรือด้านในมีการทำปุ่มสันทรงสี่เหลี่ยมผืนผ้านูนออกมาจากระดับพื้นกระดาน ยาวตลอดความยาวของแผ่นเปลือกเรือ

นอกจากไม้เรือแล้ว ในบริเวณที่เป็นที่เก็บซากเรือยังพบเศษเชือกสภาพเปื่อยยุ่ยอยู่ที่พื้นและปะปนอยู่กับซากเรือ คาดว่าน่าจะเป็นเชือกที่มากับเรือ จึงได้ทำการเก็บตัวอย่างเพื่อนำไปตรวจหาค่าอายุทางวิทยาศาสตร์ สภาพของซากเรือยังอยู่ในสภาพที่แข็งแรง แต่เนื่องจากไม่ได้รับการอนุรักษ์อย่างถูกวิธีตัวเรือจึงเริ่มเสื่อมสลายผุพังไปตามกาลเวลา

เมื่อวิเคราะห์จากลักษณะของซากเรือลำนี้โดยคร่าวเป็นเรือที่ต่อด้วยเทคนิค Lashed-Lug หรือ เชือกรัดสันรูเจาะ เป็นเทคนิคแบบโบราณที่มีมานานกว่า ๑,๐๐๐ ปี พบแพร่กระจายอยู่ในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ภาคพื้นทะเล

หลังจากที่นำซากเรือบ้านคลองยวนกลับมาเก็บรักษาที่สำนักงานกองโบราณคดีใต้น้ำแล้ว ได้นำตัวอย่างไม้เรือส่งไปวิเคราะห์ตรวจหาชนิดไม้และหาค่าอายุที่นำมาใช้ในการต่อเรือ ณ สํานักวิจัยและพัฒนาการป่าไม้ กรมป่าไม้ โดยส่งตัวอย่างชิ้นไม้จำนวน ๓ ชิ้น ประกอบด้วย เปลือกเรือ ๑ ชิ้น และลูกประสัก ๒ ชิ้น ผลการตรวจพิสูจน์พบว่า ไม้เปลือกเรือบ้านคลองยวนนั้นทำจากไม้ในสกุลตะเคียน (Hopea sp.) แต่ไม่ทราบชนิด และลูกประสักทำจากไม้ตะแบกเลือด (Terminalia mucronata Craib & Hutch.)

นอกจากการตรวจหาชนิดไม้แล้ว กองโบราณคดีใต้น้ำยังนำตัวอย่างจากตัวเรือไปหาค่าอายุทางวิทยาศาสตร์ด้วยวิธี Accelerator Mass Spectrometry (AMS) ณ ห้องปฏิบัติการในประเทศสหรัฐอเมริกาอีกด้วย โดยส่ง ๓ ตัวอย่าง ประกอบด้วย ไม้เปลือกเรือ เศษเชือก และลูกประสัก ซึ่งผลของค่าอายุที่ได้บ่งชี้ว่า เรือบ้านคลองยวนมีอายุอยู่ในช่วงพุทธศตวรรษที่ ๑๔ (คริสต์ศตวรรษที่ ๙)

จากการวิเคราะห์รูที่สันไม้กระดาน (dowel & lashing holes) เปลือกเรือแต่ละแผ่นที่พบมีการเจาะรูที่ด้านสันของไม้กระดานยาวไปตลอดแนวของไม้เปลือกเรือและพบมีลูกประสักเสียบอยู่ในรูที่ถูกเจาะ จากการพินิจแล้วพบว่า การเจาะรูสันเปลือกเรือมีรูปแบบที่ซ้ำกันชัดเจน จากข้อมูลของเรือประเภทเดียวกันที่พบในต่างประเทศ เช่น แหล่งเรือ Punjurhajo บนเกาะชวา ประเทศอินโดนีเซียนั้น พบเปลือกเรือเป็นไม้แผ่นเดียวยาวตลอดลำเรือ จึงพอสันนิษฐานได้ว่าน่าจะมีลักษณะเหมือนกัน
 

ไม้กระดานกระดูกงู จากแหล่งเรือจมบ้านคลองยวน
ที่มา: กรมศิลปากร-เรือบ้านคลองยวน