ในสมัยสมเด็จพระเจ้าเอกทัศ (พระที่นั่งสุริยามรินทร พุทธศักราช ๒๓๐๑–๒๓๑๐) พม่ายกทัพมาล้อมกรุงศรีอยุธยา ในปีจอ พุทธศักราช ๒๓๐๔ มีชาวจีนพร้อมใจกันรับอาสาออกมาสู้ข้าศึก โปรดเกล้าฯ ให้ตั้งค่ายอยู่ ณ ตำบลคลองสวนพลู ขณะที่ข้าศึกยังประชิดพระนครจีนในกองทัพคบคิดกับพรรคพวกประมาณ ๓๐๐ คนเดินทางไปยังรอยพระพุทธบาทลอกทองคำที่หุ้มองค์พระมณฑปน้อย ซึ่งสวมรอยพุทธบาท และเลิกแผ่นเงินที่ปูลาดพื้นพระมณฑป นำเอามาเป็นประโยชน์ส่วนตัว แล้ววางเพลิงเผาองค์พระมณฑปเสียหาย

พระมณฑปน้อย สวมครอบรอยพระพุทธบาท

แผ่นดินของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช เหตุการณ์บ้านเมืองยังอยู่ในภาวะสงคราม พระองค์ทรงมีพระราชภารกิจต้องป้องกันประเทศชาติ มิให้ข้าศึกรุกราน และฟื้นฟูบ้านเมืองให้เจริญ ไม่ปรากฏว่าเสด็จพระราชดำเนินไปนมัสการรอยพระพุทธบาท แต่โปรดเกล้าฯ ให้ทำหลังคากระเบื้องกั้นรอยพระพุทธบาทไว้พลาง พระยาราชสงครามเป็นแม่กองปรุงตัวไม้เครื่องบนพระมณฑปไว้ ยังไม่สำเร็จก็เปลี่ยนรัชกาล

รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าฯ แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ได้โปรดเกล้าฯ ให้กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาท เสด็จไปอำนวยการปฏิสังขรณ์พระมณฑป พระองค์ได้ทรงมีพระราชศรัทธา รับแบกตัวลำลองเครื่องบนหนึ่งตัว แล้วเสด็จพระราชดำเนินตั้งแต่ท่าเรือ ไปจนถึงพระพุทธบาท นับเป็นเยี่ยงอย่างที่ยอดเยี่ยม เป็นที่ปรากฏแก่มหาชนโดยทั่วไป ในการทำนุบำรุงรักษาพระพุทธศาสนา

พระมหากษัตริย์ในพระราชจักรีวงศ์ทุกพระองค์ ก็ได้ทรงทำนุบำรุงปฏิสังขรณ์ถาวรวัตถุต่างๆ ของพระพุทธบาท ให้อยู่ในสภาพที่ดีเลิศอยู่ตลอดมา ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระมกุฏภัณฑเจดีย์ที่อยู่ใกล้พระมณฑปองค์หนึ่ง และสร้างเครื่องบนพระมณฑปใหญ่ กับสร้างพระมณฑปน้อย ทั้งให้เปลี่ยนแผ่นเงินปูพื้นพระมณฑป เป็นเสื่อเงินและได้ทรงยกยอดพระมณฑป พร้อมทั้งบรรจุพระบรมสารีริกธาตุที่พระมกุฎภัณฑเจดีย์ เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๐๓

พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เสด็จไปนมัสการพระพุทธบาท ๔ ครั้ง ได้ทรงปฏิสังขรณ์พระวิหารหลวงและซ่อมแซมผนังข้างในพระมณฑป สร้างบันไดนาคทางขึ้นพระมณฑปจากเดิมที่มีอยู่สองสายเป็นสามสาย และพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ก็ได้เสด็จไปยกยอดพระมณฑป เมื่อปี พ.ศ. ๒

รัชกาลที่ ๑ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช แห่งกรุงรัตนโกสินทร์ มีพระบรมราชโองการให้กรมพระราชวังบวรสถานมงคลเสด็จไปบูรณะพระมณฑป

รัชกาลที่ ๒ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย โปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระมณฑปน้อยสวมรอยพระพุทธบาท

รัชกาลที่ ๓ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้เกิดไฟไหม้พระมณฑปน้อย จึงได้มีการสร้างพระมณฑปน้อยขึ้นใหม่ รวมทั้งปิดทองผนังภายในที่ได้ทาชาดไว้แต่ครั้งรัชกาลที่ ๑