วันแรม ๑ ค่ำ เสด็จพระราชดำเนินไปเขาแก้วทางพุแคโดยทางสถลมารค ถึงพลับพลาที่ประทับเขาแก้วแล้วได้ทอดพระเนตรเห็นช้างสำคัญสีเหลืองเป็นพื้นเจือแดง จักษุเหมือนน้ำทอง ขนตัวขนหางก็เหลืองด้วย เป็นเผือกโทเทียมเอก ในตำราช้างจะเรียกว่า เหมหัตถี ก็ได้

ครั้นรุ่งขึ้นวัน แรม ๒ ค่ำ เวลาบ่ายเสด็จไปทรงนมัสการพระฉาย ประทับแรมราตรี ๑ แรม ๓ ค่ำ เสด็จกลับมาประทับเขาแก้ว รุ่งขึ้นวันแรม ๔ ค่ำ ให้มีละครทำขวัญช้าง วันแรม ๕ ค่ำ เสด็จกลับมาประทับแรมอยู่พลับพลาท่าเจ้าสนุก ทรงพระราชดำริว่าศาลเทพารักษ์เขาตกนั้น เดิมเป็นช่อฟ้าเครื่องไม้ ไฟป่าลามมาไหม้ก็ต้องทำบ่อยๆ เห็นว่าไม่มั่นคง จึงโปรดเกล้าฯ ให้พระยามหาอำมาตย์ทำเป็นเก๋งฝาอิฐปูนขึ้นหลัง ๑ แล้ว ให้หลวงสัจจพันธศีรีเลือกหาก้อนศิลาเนื้อดีริมศาลเจ้า ส่งลงไปกรุงเทพมหานคร จะทำเจว็ดเทวรูปจะเอาขึ้นไปไว้แทนเจว็ดใหม่ วันแรม ๗ ค่ำ เสด็จกลับมาถึงกรุงเทพมหานคร….’

พระราชพงศาวดาร ฉบับพันจันทนุมาศ (เจิม) ได้อ้างถึงเหตุการณ์ค้นพบรอยพระพุทธบาท ที่สระบุรี ในรัชสมัยของพระเจ้าทรงธรรม ไว้ว่า

‘....ในปีนั้นเมืองสระบุรีบอกมาว่า พรานบุณพบรอยเท้าอันใหญ่บนไหล่เขาเป็นประหลาด สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวดีพระทัย เสด็จด้วยพระที่นั่งชัยพยุหยาตรา พร้อมด้วยเรือท้าวพระยาสามนตราชดาษดา โดยชลมารคนทีธารประทับท่าเรือ รุ่งขึ้นเสด็จทรงพระที่นั่งสุวรรณปฤษฎางค์ พร้อมด้วยคเชนทรเสนางคนิกรเป็นอันมาก

ครั้งนั้นยังมิได้มีทางสถลมารค พรานบุณเป็นมัคคุเทศก์นำลัดตัดดงไปเถิงเชิงเขา สมเด็จพระเจ้าอยู่หัวตรัสทอดพระเนตรเห็นแท้เป็นรอยพระบรมพุทธบาทมีลายลักษณ์กงจักร ประกอบด้วยอัฏฐตรสต มหามงคล ๑๐๘ ประการ สมด้วยพระบาลี แล้วต้องกับเมืองลังกาบอกเข้ามาว่า กรุงศรีอยุธยามีรอยพระพุทธบาท เหนือยอดเขาสุวรรณบรรพต ก็ทรงพระโสมนัสปรีดาปราโมท ถวายทัศนัขเหนืออุตมางคสิโรตม์ ด้วยเบญจางคประดิษฐเป็นหลายครา กระทำสักการบูชาด้วยธูปเทียนคันธรสจะนับมิได้

ทั้งท้าวพระยาเสนาบดีกวีราชนักปราชญ์บัณฑิตชาติทั้งหลาย ก็ถวายวันทนาประณามน้อมเกล้าด้วยเบญจางคประดิษฐ์ ต่างคนต่างมีจิตต์โสมนัศปราโมทยิ่งนัก กระทำสักการบูชา….’

เมื่อค้นหลักฐานถึงความสัมพันธ์และความเลื่อมใสศรัทธาของพระมหากษัตริย์ก็จะมีอย่างสืบเนื่องมิขาดสาย ตั้งแต่พระมณฑปสร้างครั้งแรกในสมัยพระเจ้าทรงธรรมครอบรอยพระพุทธบาทเป็นปราสาทยอดเดี่ยวและได้โปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระอุโบสถ พระวิหาร ศาลาการเปรียญ แล้วให้ฝรั่งส่องกล้อง ตัดทางสถลมารคกว้าง ๑๐ วา ตรงตลอดถึงท่าเรือ ให้แผ้วถางทางให้ราบเป็นถนนหลวงเสด็จ สมเด็จพระเจ้าทรงธรรมเสด็จกลับทางท่าเรือทรงพระกรุณาสั่งให้ตั้งพระราชนิเวศน์ ตำหนักฟากตะวันออกให้ชื่อว่า พระตำหนักท่าเจ้าสนุก

สมเด็จพระเจ้าปราสาททอง โปรดเกล้าฯ ให้ตกแต่งธารทองแดงเป็นที่เสด็จประพาสและสร้างพระตำหนัก สำหรับเป็นที่ประทับในเวลาเสด็จไปนมัสการรอยพระพุทธบาท โบราณสถานที่สร้างในสมัยสมเด็จพระเจ้าปราสาททอง คือพระวิหารหลวง กำแพงแก้วรอบพระมณฑปทำด้วยเครื่องหินอ่อน

ในสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช โปรดให้สร้างถนนจากลพบุรีถึงเขาสุวรรณบรรพต และสร้างอ่างเก็บน้ำชื่อว่าอ่างแก้วและก่อทำนบกั้นน้ำตามไหล่เขา ได้บูรณปฏิสังขรณ์อาคารนี้เป็นครั้งแรกในรัชกาลสมเด็จพระสุริเยนทราธิบดี (พระเจ้าเสือ พุทธศักราช ๒๒๔๖–๒๒๕๑) โปรดเกล้าฯ ให้ปฏิสังขรณ์พระมณฑปพระพุทธบาทใหม่ เปลี่ยนยอดพระมณฑปเดิมซึ่งเป็นยอดเดี่ยวให้เป็นพระมณฑป ๕ ยอด ดังนั้นอาคาร พระมณฑปพระพุทธบาทในสมัยพระเจ้าเสือ มีรูปลักษณะเป็นพระมณฑป ๕ ยอดเหมือนพระที่นั่งศิวาลัย มหาปราสาทในพระบรมมหาราชวัง ลักษณะเป็นพระมณฑปมีเสาหานโดยรอบ ตกแต่งเป็นซุ้มโค้งแบบมณฑปโถง ซึ่งได้มีการปรับปรุงเปลี่ยนแปลงภายหลัง

ในรัชกาลสมเด็จพระภูมินทราบดี (พระเจ้าท้ายสระ) ได้นำกระจกเงาแผ่นใหญ่ที่ประดับอยู่ในนารายณ์ราชนิเวศน์ เมืองลพบุรี ไปประดับฝาข้างในพระมณฑปแล้วปั้นลายปิดทองประกอบ เดิมโครงสร้างภายในพระมณฑปก่ออิฐเป็นผนังโค้ง มีรอยก่ออิฐอุดโค้งทุกด้าน ข้อสันนิษฐานนี้ ทำให้คิดว่า พระมณฑปที่สร้างขึ้นในสมัยพระเจ้าทรงธรรมจะเป็นพระมณฑปโถง และแปลงเป็นโค้งเมื่อทำเครื่องใหม่

ในสมัยพระมหาธรรมราชาที่ ๒ (พระเจ้าอยู่หัวบรมโกศ พุทธศักราช ๒๒๗๕–๒๓๐๑) ได้ถวายช้างต้นพระบรมจักรวาลเป็นพุทธบูชา และสร้างบานประตูพระมณฑปประดับมุก ๘ บาน เป็นบานประตูมุกสมัยอยุธยา ที่งดงามที่สุดแห่งหนึ่งในประเทศไทย