ต่อจากรัชกาลพระยาสุมิตตธรรมแห่งมรุกขนครแล้วแคว้นโคตรบูรก็เสื่อมลง ความสำคัญของบ้านเมืองได้ย้ายไปอยู่ที่นครเวียงจันทน์อันมีพระยาจันทรบุรีอ้วยล้วยเป็นต้นวงศ์กษัตริย์ และได้ทรงอุปถัมภ์พระธาตุพนมต่อมา ระยะหลังเหตุการณ์เกี่ยวกับพระธาตุพนมเป็นเรื่องในสมัยล้านช้างซึ่งถือได้ว่าเป็นประวัติศาสตร์แล้ว ตำนานอุรังคธาตุกล่าวว่า พระยาโพธิสาราชได้เสด็จมาบูรณปฏิสังขรณ์สร้างวิหารและถวายข้าพระเป็นจำนวนมากเพื่อคอยดูแลรักษาพระบรมธาตุพระยาโพธิสาราชนี้มีหลักฐานว่าขึ้นครองราชย์ในล้านช้างเมื่อ พ.ศ. ๒๐๖๓

สมัยหลังๆ ลงมาก็ถึงรัชกาลพระเจ้าไชยเชษฐาธิราชทรงทราบเรื่องราวของพระธาตุพนมจากตำนาน ได้เสด็จมานมัสการพระบรมธาตุและทรงบูรณปฏิสังขรณ์ เรื่องของตำนานอุรังคธาตุที่มีมาแต่โบราณมาหมดสิ้นเอาในรัชกาลของสมเด็จพระเจ้าไชยเชษฐาธิราชแห่งล้านช้าง ต่อมาพระพนมเจติยานุรักษ์ (ปัจจุบันคือพระเทพรัตนโมลี) เจ้าอาวาสวัดพระธาตุพนมซึ่งเป็นปราชญ์มีความรอบรู้ในเรื่องอักษรศาสตร์ ประวัติศาสตร์ และโบราณคดีคนหนึ่งของภาคตะวันออกเฉียงเหนือได้รวบรวมเรียบเรียงตำนานอุรังคธาตุขึ้นใหม่ให้ชื่อว่า ‘อุรังคนิทาน’ ได้นำเอาเรื่องราวและเหตุการณ์เกี่ยวกับพระธาตุพนมในสมัยหลังรัชกาลพระเจ้าไชยเชษฐาลงมาจนปัจจุบัน ซึ่งมีบันทึกอยู่ในศิลาจารึกตำนานพงศาวดารและความทรงจำของผู้รู้ในท้องถิ่นมาเพิ่มเติมไว้

จากเรื่องราวที่เพิ่มเติมนี้ ทำให้ทราบว่าพระธาตุพนมเป็นศาสนสถานที่สำคัญของภาคตะวันออกเฉียงเหนือทุกยุคทุกสมัย การบูรณปฏิสังขรณ์แต่ละครั้งเป็นเหตุการณ์ในทางประวัติศาสตร์ ซึ่งเจ้าบ้านผ่านเมือง ขุนนางข้าราชการ ประชาชน และพระภิกษุสงฆ์ต้องมาร่วมกันดำเนินการ

การบูรณปฏิสังขรณ์ครั้งสำคัญในภายหลังนี้ได้แก่ครั้งพระครูหลวงโพนสะเม็กในปี พ.ศ. ๒๒๓๕ ครั้งพระครูวิโรจน์รัตโนบลจากวัดทุ่งศรีเมือง อุบลราชธานี เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๔๔ และครั้งสุดท้ายกรมศิลปากรมาบูรณปฏิสังขรณ์เมื่อ พ.ศ. ๒๔๘๓...’

สำหรับความสำคัญของ ‘ภูกำพร้า’ ตำนานเล่าสืบต่อว่า ภูกำพร้า ตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกของแม่น้ำโขง ทางทิศตะวันออกจะพบบึงน้ำกว้างยาวขนานไปกับแม่น้ำโขง เรียกกันในท้องถิ่นว่า ‘บึงธาตุ’ และเชื่อกันว่าบึงนี้ถูกขุดขึ้นในอดีตเพื่อนำเอาดิน ที่ได้มาปั้นอิฐก่อองค์พระธาตุพนมขึ้น