‘เมืองพัทลุง’ ที่มีมาก่อนสมัยอยุธยาตอนปลายนั้น น่าจะหมายถึงเมืองทั้งสองแห่งที่อยู่บนเกาะแถบชายทะเล ก่อนที่จะเกิดทะเลสาบสงขลาขึ้นจากการงอกของแผ่นดินและสันทราย ตั้งแต่อำเภอควนขนุนและอำเภอระโนด ไปยังปากพนังในเขตจังหวัดนครศรีธรรมราช

บริเวณบ้านเมืองตั้งแต่พุทธศตวรรษที่ ๑๘-๑๙ ลงมานั้นอยู่ในบริเวณชายฝั่งทะเลใต้ฝั่งคลองลำปำ เพราะพบร่องรอยเวียงรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัสแบบเดียวกับที่พบบริเวณเมืองสทิงพระ, เวียงสีหยัง และเวียงพังยางทางฝั่งนี้ด้วยที่ใกล้ๆ บ้านควนมะพร้าว ซึ่งเป็นย่านชุมชนเมืองพัทลุงที่ปากน้ำลำปำและอยู่ห่างจาก ‘วัดป่าขอม’ ที่พบใบเสมาหินทรายแดงราว ๓ กิโลเมตร และห่างมาราว ๖ กิโลเมตรตามชายฝั่งของชายฝั่งทะเลหลวงฝั่งเมืองพัทลุงลงมาจนถึงแถบบ้านคลองขุดมายังอ่าววัดสะทัง และแหลมจองถนนมายังหาดพัดทอง วัดเขียนบางแก้ว และคลองบางแก้ว

พัทลุงช่วงเวลานี้ ถือเป็นบ้านเมืองที่นับถือพุทธศาสนาเถรวาทลังกาวงศ์ ที่สัมพันธ์กับวัดพระบรมธาตุนครศรีธรรมราชในสมัยอยุธยา เป็นเขตชนแดนระหว่างสยามกับมลายูที่มีศูนย์กลางของรัฐอยู่ที่นครปัตตานี

เมืองพัทลุงที่เขาเมืองไชยบุรีซึ่งเดินทางเข้าทางลำน้ำปากประ

ในสมัยอยุธยาตอนกลาง มีร่องรอยการขยายตัวทางฝั่งพัทลุงผ่านลำปำขึ้นไปยังคลองปากประที่มีทะเลน้อยและพื้นที่ป่าพรุ ซึ่งมีลำน้ำชะอวดไหลผ่านไปออกทะเลที่ปากพนัง ดังนั้น แถบปากคลองลำปำและคลองปากประเป็นแหล่งท่าจอดเรือจากนครศรีธรรมราชและจากโพ้นทะเล จึงเกิดเป็นชุมชนเมืองขึ้นมารองรับ

เมืองสงขลาเป็นเมืองท่าสินค้าที่มีความรุ่งเรืองและมั่งคั่งทางเศรษฐกิจ ซึ่งเจ้าเมืองเป็นคนมุสลิมเชื้อสายอาหรับต่างไปจากสุลต่านเมืองปัตตานีซึ่งเป็นคนมลายู ได้อาศัยช่องว่างความขัดแย้งทางการเมืองของกรุงศรีอยุธยาหลังรัชกาลสมเด็จพระเจ้าทรงธรรม ขึ้นมาประกาศตนเองในรูปของรัฐอิสระจากกรุงศรีอยุธยา ที่สามารถขยายอำนาจทางการค้าและการทหาร โดยขยายอาณาเขตเหนือบรรดาบ้านเล็กเมืองน้อยตามชายฝั่งทะเลขึ้นไปถึงนครศรีธรรมราชทางเหนือ และบ้านเมืองชายฝั่งจากสงขลาไปยังอำเภอเมือง อำเภอจะนะ และอำเภอเทพา

ดังในตำนานกล่าวถึงสุลต่านสุลัยมานแต่งตั้งน้องชายและลูกหลานไปปกครองที่เมืองไชยบุรีทางฟากฝั่งพัทลุง ที่เมืองไชยา เมืองจะนะ เมืองเทพา เป็นต้น  เหตุอย่างหนึ่งที่ทำให้สุลต่านสุลัยมานสามารถตั้งเป็นรัฐอิสระและขยายอาณาเขตขึ้นไปจนถึงนครศรีธรรมราชได้นั้น น่าจะเป็นเพราะบ้านเมืองชายฝั่งทะเล จากสงขลาขึ้นไปถึงนครศรีธรรมราชถูกรุกรานปล้นสะดมจากพวกอุยงคตนะหรือพวกอยู่ปลายแหลมที่เป็นโจรสลัดจากเมืองยะโฮร์ทางมาเลเซีย ซึ่งในช่วงเวลานั้นอยุธยาเกิดความขัดแย้งและไม่มีกำลังพอที่จะช่วยบ้านเมืองทางนครศรีธรรมราช สงขลา และพัทลุงได้ หัวเมืองทางใต้จึงต้องพึ่งเมืองสงขลาของสุลต่านสุลัยมานแทน

แต่ความเป็นรัฐอิสระของเมืองสงขลาอยู่ได้เพียงสองชั่วคน ก็เกิดสงครามกับกรุงศรีอยุธยาในสมัยสมเด็จพระเจ้าปราสาททอง ที่ส่งกองทัพเรือมาตีสงขลาหลายครั้ง แต่ไม่สำเร็จ จนถึงสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราชจึงตีสงขลาได้และทำลายเมืองกวาดต้อนผู้คนไปอยู่ที่อื่น พร้อมกับย้ายเมืองมาอยู่ที่เมืองไชยบุรีแทน มีการสร้างป้อมปราการของเมืองโดยนายช่างวิศวกรชาวฝรั่งเศส ให้เป็นเมืองศูนย์กลางการปกครองแทนเมืองสงขลาที่ถูกยุบให้เป็นเมืองบริวาร